Historique des journées NETBIO

15 - 16 Novembre 2023

Mercredi 15 novembre

  • Alexander Reisach (Université Paris Cité, Paris) An Introduction to Structural Causal Models [diapo]
  • David Pot et Marie Denis (Cirad, Montpellier) Integrating GENomic prediction with GENe regulatory networks to optimize genetic value prediction : biological and statistical challenges" [diapo David Pot] [diapo Marie Denis]
  • Vincent Rocher (INRAE, Toulouse) Évaluation de méthodes d'inférences de réseaux de gènes sur le réseau complet reconstruit de la bactérie Bacillus Subtilis [diapo]
  • Fanny villers (Sorbonne université, Paris) Improving Gaussian Graphical Model inference by learning the graph structure [diapo]
  • Harold Duruflé (INRAE, Orléans) Étudier l'adaptation des arbres par la phénologie. Idée de projet combinant la génomique interannuelle et intraspécifique

Jeudi 16 novembre

  • Olivier Gandrillon (ENS-Lyon, Lyon) , A glimpse on cell decision making through GRN inference  [diapo]
  • Elodie Marchadier(GQE, Gif-sur-Yvette) , Méthode d’évaluation de la pertinence d’un réseau - Application à un jeu de données protéomiques [diapo]
  • Yacine DJABALI  (GQE et IPS2, Gif-sur-Yvette)  Exploitation des données multi-omiques pour élucider les bases génétiques et moléculaires de caractères complexes: Une étude de génétique des systèmes de la réponse du maïs à la sécheresse [diapo]

Les journées 2020 - 2021

14 Décembre 2021

  • Laura Cantini (IBENS, ENS) ''Evaluating the reproducibility of single-cell gene regulatory network inference algorithms'' [diapo]
  • Saint-Clair Chabert-Liddell (INRAE, MIA Paris) ''Learning common stuctures in a collection of networks with the stochastic block model'' [diapo]
  • Elias Ventre (LBMC, ENS Lyon) ''Inferring GRN in presence of transcriptional bursting using temporal dynamics and metastability'' 
     

20 Septembre 2021

  • Matthieu Vignes (University of Massey) ''Gene network product simulations with post-transcriptional regulations for polyploid organisms'' [diapo]
  • Olivia Angelin-Bonnet (University of Massey) ''Evaluating gene regulatory network reconstruction methods when post-transcriptional modifications are present'' [diapo]
  • Sandra Cortijo (BPMP, CRNS) ''The same, yet different: variability between genetically identical plants'' [diapo]
  • Camille Champion (IMT, Université de Toulouse) ''Research and development of algorithms using cluster-based interactions of metagenomic data in biomedicine'' [diapo]

21 Juin 2021

  • Régis Sabbadin et Ronan Trépos (MIAT, INRAE Toulouse) ''A hidden semi-Markov model for inferring the structure of migratory bird flyway networks'' [diapo]
  • Anwar Abouabdallah (Inria/INRAE Bordeaux et MIAT, INRAE Toulouse) ''Stochastic Block Model for taxonomic identification in (meta)Barcoding'' [diapo]
  • Abdou Wade (BioForA, INRAE Orléans) ''Combiner données génomique et transcriptomique en prédiction génomique'' [diapo]

16 Mars 2021 

  • 14h15-15h15 : Mathieu Emily (AgroCamupsOuest, Rennes) ''Analyzing (complex) systems with Structural Equation Modelling'' [diapo]
  • 15h15-15h45 : Sébastain Mira (AgroCamupsOuest, Rennes) ''Application de la modélisation par équations structurales en écologie. Exemple d'un système sol-racines-plante'' 
  • 15h45-16h30 : Anne Goelzer (MAIAGE, INRAE Jouy-en-Josas) ''Automated generation of resource allocation models at cellular scales:  from prokaryotic to eukaryotic cells'' [diapo]

8 Décembre 2020

  • 14h15-15h15 : Raphaelle Momal (MIA-Paris) ''Inférence de réseau avec reconstruction d'acteurs manquants'' 
  • 15h15-15h45 : Océane Cassan (BPMP)  ''DIANE : Dashboard for the Inference and Analysis of Networks from Expression data'' 
  • 15h45-16h15 : Diego Hartasanchez Frenk (RDP)  ''Sepal morphology and gene expression in Arabidopsis thaliana'' 

14-16 Octobre 2019 - IPS2

Programme

Lundi 14 Octobre

  • 10h00-10h15 : Accueil
  • 10h15-10h30 : Introduction (Marie-Laure Martin-Magniette)
  • 10h30-11h30 : Olivier Gandrillon (LBMC, Lyon) / Arnaud Bonnaffoux (Société Vidium, Lyon) ''Inferring mechanistic gene regulatory networks from single cell data'' [diapo]
  • 11h30-12h30 : Mikael Lucas (DiADE, Montpellier) / Kevin Bellande (DiADE, Montpellier) ''Dynamics of Gene Regulatory Network Governing de novo Lateral Root Primordium Development'' [diapo]
  • 12h30-14h00 : Repas  offert par NETBIO
  • 14h00-15h00 : Etienne Delannoy (IPS2, Gif-Sur-Yvette) / Pierre Latouche (Université de Paris, Paris) ''Identification de modules fonctionnelles par l’analyse topologique d’un reseau de corégulation'' [diapo]
  • 15h00-16h00 : Mathieu Thomas (AGAP, Montpellier) / Pierre Barbillon (MIA-Paris, Paris) ''Influence des réseaux de circulation de semences sur l'évolution de la diversité génétique des espèces cultivées''  [diapo]
  • 16h00-16h30 : Pause
  • 16h30-17h30 : Laurence Liaubet (GenPhySE, Toulouse) / Nathalie Vialaneix  (MIA-T, Toulouse) ''Combining co-expression and co-location for gene network inference in porcine muscle development in late gestation''  [diapo]

Mardi 15 Octobre

  • 08h45-09h00 : Accueil
  • 09h00-10h30 : Sophie Donnet (MIA-Paris, Paris) ''Introduction aux réseaux bi-partites'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Pause
  • 11h00-12h00 : Engelbert Mephu Nguifo (LIMOS, Clermont Ferrand) ''A novel computational approach for global alignment of multiple biological networks'' [diapo]
  • 12h00-14h00 : Repas  offert par NETBIO
  • 14h00-15h00 : Julie Aubert (MIA-Paris, Paris) ''Latent block model for overdispersed count data. Application in microbial ecology" [diapo]
  • 15h00-15h30 : Clémence Karmann (IECL/INRIA, Nancy) ''Méthode des knockoffs revisités pour la sélection de variables. Application à l'inférence de réseaux pour modèles inflatés en zéro'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Pause
  • 16h00-16h30 : Martina Sundqvist (MIA-Paris, Orsay) ''Cluster stability for class dicovery: when and how to use it?'' 
  • 16h30-17h00 : Audrey Hulot (GABI, Jouy-en-Josas) ''Fast tree aggregation for consensus hierarchical clustering'' [diapo]

Mercredi 16 Octobre

  • 09h30-10h30 : Vincent Fromion (MaIAGE, Jouy-en-Josas) ''La modélisation systémique de la cellule constitue-t-elle une base utile de la représentation des liens entre les entités de la cellule à travers des « graphes » ?'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Léa Boyrie (LRSV, Toulouse) ''Towards a network approach to detect genome-wide signature of gene coadaptation using SNP data'' [diapo]
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h30 : Actualités NETBIO 
  • 12h30-14h00 : Repas  offert par NETBIO
  • 14h00-14h30 : Stéphane Robin (MIA-Paris, Paris) ''Analyse topologique d’un réseau inféré'' [diapo]
  • 14h30-15h00 : Christophe Giraud (LMO, Orsay) ''Forces et faiblesses du mean-field varational bayes inférence'' 
  • 15h00-15h30 : Perrine Lacroix (IPS2/LMO, Orsay) ''Comparaison de méthodes d’inférence de graphe'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Michael Pierrelee (IBDM, Marseille) ''TimeNexus identifies dynamic pathways from gene expression time-series using temporal networks'' [diapo]
  • 16h00-16h15 : Clôture des journées
     

13-14 Décembre 2018 - Supagro (Montpellier)

Programme

Jeudi 13 Décembre

  •  8h45-9h00 : Accueil
  • 9h00-10h00 : Cédric Gaucherel (CIRAD, Montpellier) ''Ecosystems are developing! Qualitative modeling of complex interaction networks'' [diapo]
  • 10h-10h30 : Raphaelle Momal (MIA-Paris) ''Inférence de réseaux écologiques à partir d'arbres latents dans un modèle Poisson Log-Normal'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Pause
  • 11h00-11h30 : Jérémy Lavarenne (Université de Montpellier et Biogemma) ''Adaptation des céréales au déficit hydrique : recherche de gènes maîtres du développement racinaire par une approche de biologie des systèmes'' 
  • 11h30-12h00 : Lise Pomiès (MIAT, INRA Toulouse) ''Choisir une méthode d'inférence adaptée à l'étude d'un processus biologique via la simulation de données'' [diapo]
  • 12h00-12h30 : Charlotte Henriet (INRA, Dijon) ''Étude de l'impact d’une sécheresse combinée à une carence en soufre chez le pois : intégration de données multi-omiques'' 

Vendredi 14 Décembre

  • 9h00-10h00 : Soazig Guyomarc'h (Montpellier, Université) ''Inference, analysis and experimental investigation of gene regulatory networks controlling lateral root organogenesis in the model plant Arabidopsis thaliana''
  • 10h00-10h30 : May Taha (Montpellier, Université) ''Combining genome features for gene expression modeling using convolutional network'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Nadine Hilgert (Montpellier, Mistea) ''Phénotypage haut débit des plantes : prétraitement et analyses''  [diapo]
  • 11h00-11h30 : ''Pause''
  • 11h30-13h00 : Franck Picard (CNRS, Lyon) ''Introduction au single-cell''  [diapo]

École-Chercheurs De l'expression des gènes aux réseaux - mai à décembre 2017

Après le succès de l'école d'été SPS « From gene expression to genomic network » organisée à Port Royal, Saint-Lambert, en juillet 2016, le LabEx a souhaité proposé une école-chercheur sur les mêmes thématiques. Les informations sont disponibles à ce lien. 

9 - 10 Novembre 2017 - AgroParisTech (Paris)

Programme

Jeudi 9 Novembre

  • 9h45-10h00 : ''Accueil''
  • 10h00-11h30 : Marie-Laure Martin-Magniette (IPS2, MIA-Paris) ''Un réseau, quoi, pourquoi, comment ?'' [diapo]
  • 11h30-12h30 : Gabriel Krouk (CNRS, Montpellier) ''Réseaux de régulation génique : que nous apprennent les plantes ?'' [diapo]
  • ''12h30-14h00 : Repas  offert par NETBIO
  • 14h-14h30 : Simon de Givry (MIA-T, Toulouse) ''Sélection de facteurs de transcription du tournesol reliés à la sècheresse'' 
  • 14h30-15h00 : Marie Perrot-Dockes (MIA-Paris) ''Méthode de sélection de variables dans le modèle linéaire multivarié avec prise en compte de la dépendance : application à des données de métabolomique'' [diapo] 
  • 15h00-15h30 : Alyssa Imbert (MIA-T, Toulouse) ''Imputation d'individus manquants pour l'inférence de réseau RNAseq'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Pause
  • 16h00-17h00 : Christophe Ambroise (UEVE, MIA-Paris) ''Graphical model inference with unobserved variables via latent tree aggregation''  [diapo]
  • 17h00-17h30 : Actualités NETBIO et discussion

Vendredi 10 Novembre

  •  9h30-10h30 : Sarah Ouadah (MIA-Paris) ''Goodness-of-fit tests for heterogeneous random graph models'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Jérôme Mariette (MIA-T, Toulouse) ''Intégration des données TARA océans avec une approche multi-noyaux'' [diapo] 
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h30 : Sophie Lèbre (Université de Montpellier) ''Modélisation de l'expression des gènes à partir de données de séquence ADN'' [diapo] 
  • '12h30-14h00 : REPAS offert par NETBIO
  • 14h00-15h00 : Mahendra Mariadassou (MaIAGE, Jouy-en-Josas) ''Inference de réseaux écologiques à partir de données de comptage'' [diapo]
  • 15h00-15h30 : Timothé Tabouy (MIA-Paris) ''Impact de l'échantillonnage dans l'inférence de structures dans les réseaux'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Lise Pomiès '' Stratégie d'inférence de réseau pour comprendre la réponse du peuplier à la flexion'' [diapo]
  • 16h00 : ''Conclusion des journées''

Formation au LIPM à Toulouse « Analyse de données 'omiques - de l'expression des gènes à l'inférence de réseaux » - Avril 2017

Cette formation a été sollicitée par les scientifiques du LIPM pour mieux comprendre l'analyse des données omiques. La formation était centrée sur les analyses statistiques pour présenter ce qu’il est possible de faire avec des données RNA-seq une fois le traitement bioinformatique réalisé. Plus d'informations à ce lien. 

Groupe de travail 20-24 février 2017

L'objectif de la semaine a été, pour les animateurs de NETBIO, de travailler sur des formations et des supports de formation sur la thématique des réseaux (qu'est-ce qu'un graphe, un réseau biologique ? quelles peuvent être leurs utilités en biologie ? comment sont-ils construits ?).

12 - 14 Octobre 2016 (Toulouse)

Journées jointes entre NetBio, AIGM et MOABI nommées CARTABLE.

École d'été From gene expression to genomic network - Juillet 2016

Une école d'été SPS « From gene expression to genomic network » et été organisée à Port Royal, Saint-Lambert, du 17 au 22 juillet 2016. Le matériel de cours est disponible à ce lien. 

29 - 30 Septembre 2015 - AgroParisTech (Paris)

Programme

Mardi 29 Septembre

  • 9h45-10h00 : Accueil
  • 10h00-11h00 : Etienne Delannoy (IPS2) ''Signification biologique des termes différentiellement exprimés, co-exprimés, co-régulés et régulés'' [diapo]
  • 11h00-11h45 : Andréa Rau (GABI, INRAE Jouy-en-Josas) "Analyse de la co-expression par modèles de mélange'' [diapo]
  • 11h45-12h30 : Sylvain Foissac ''Exploration de la structure 3D du génome par analyse Hi-C'' [diapo]
  • 12h30-14h00 : Repas  offert par NETBIO
  • 14h-14h45 : Vincent Brault (UPSUD) ''Segmentation bidimensionnelle rapide pour l'étude des données Hi-C'' - (diaporama et vidéo)
  • 14h45-15h15 : Jean-Benoist Leger ''Modèle de graphes à espace latent continu de type SBM'' [diapo] 
  • 15h15-15h45 : Sophie Donnet (Ceremade, UParis Dauphine) ''Stochastic Block model pour les réseaux multiplex. Application à un réseau de chercheurs'' [diapo]
  • 15h45-16h15 : Pause
  • 16h15-17h00 : Actualités de NETBIO et discussions

Mercredi 30 Septembre

  • * 9h30-10h00 : Thomas Picchetti (ENS Lyon) ''A model for gene deregulation detection using expression data'' [diapo]
  • 10h00-10h30 : Marc Legeay (Univ Angers) ''Construction et analyse de réseaux contextuels de co-expression pour des données transcriptomiques sens et anti-sens'' [diapo]
  • 10h30-11h00 : Guillem Rigaill et Françoise Monéger ''Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : présentation des objectifs et du jeu de données'' 
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h30 : Julien Chiquet et Loic Schwaller  ''Apports des données transcriptomes dans la construction d’un réseau de régulation : premiers résultats'' [diapo]
  • 12h30-14h30 : REPAS offert par NETBIO
  • 14h30-15h30 : Kim-Anh Lê Cao ''Omics data integration: towards a system biology approach'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Valentin Wucher (IRISA) "Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois'' [diapo archive]
  • 16h00-16h30 : Antoine-Lorquin (IRISA) ''Orthocis :  pattern matching de site de fixation de facteur de transcription à l'aide de l'orthologie'' [diapo]
  • 16h30 : Conclusion des journées

24 - 25 Novembre 2014

  • Séminaire du 24 Novembre 2014 : Patrick Meyer (Présentation)
  • Groupe de travail du 25 Novembre 2014 (CR)

18 - 19 Septembre 2014 - AgroParisTech (Paris)

Programme

Jeudi 18 Septembre

  • 10h00-10h30 : Accueil 
  • 10h30-11h30 : Richard Berthome ''Rôle des petits ARNs dans la régulation de l'expression des gènes'' [diapo]
  • 11h30-12h00 : Amine Ghozlane ''Genome-wide detection of sRNA targets with rNAV / présentation de Tulip'' [diapo]
  • 12h00-12h20 : Oriol Guitart Pla ''The Cytoscape Network Inference (Cyni) toolbox for gene regulatory network inference'' [diapo]
  • 12h20-14h00 : Repas offert par NETBIO
  • 14h00-15h00 : Pierre Barbillon ''Network impact on persistence in a finite population dynamic exchange model'' [diapo]
  • 15h00-15h30 : Rim Zaag ''From gene expression modelling to coregulation networks for Arabidopsis'' [diapo]
  • 15h30-16h00 : Yann Vasseur ''Régressions pénalisées et modèles à blocs latents pour une caractérisation relationnelle des facteurs de transcription d'Arabidopsis'' 
  • 16h00-16h30 : Pause
  • 16h30-17h30 : Actualités de NETBIO et discussions

Vendredi 19 Septembre

  • 8h45-9h00 : Accueil
  • 9h00-10h00 : Pierre Latouche ''Random graph models for the clustering of nodes in networks and visualisation'' [diapo]
  • 10h00-11h00 : Fabrice Rossi ''Triclustering pour la détection de structures temporelles dans les graphes'' [diapo]
  • 11h00-11h30 : Pause
  • 11h30-12h00 : Trung Ha ''Régressions multivariées en grande dimension''  [diapo]
  • 12h00-12h30 : Mélina Galopin ''Model-based clustering of genes expression data with external annotations'' [diapo]
  • 12h30-14h00 : Repas offert par NETBIO
  • 14h00-15h00 : Loïc Schwaller ''Tree-based graphical model inference'' [diapo]
  • 15h00-16h00 : Avner Bar-Hen ''Influential observations in a Graphical Model'' [diapo]
  • 16h00-16h30 : Pause
  • 16h30-17h00 : Jean-Michel Becu ''Sélection de variables par la ridge adaptative'' [diapo]
  • 17h00-17h45 : Discussion sur les perspectives

11 - 12 Septembre 2013 - AgroParisTech (Paris)

Compte-rendu de la journée : [CR] - Programme de la journée : [programme]

  • Discussions autour de la reconstruction du réseau d'identité polaire chez Arabidopsis (F Monéger, M-L Martin-Magniette, S de Givry et M Vignes) [diapo]
  • Some extensions to the GGM Framework for biological network inference] (J Chiquet) [diapo]
  • Sparse factor models for gene co-expression networks (Y Blum) [diapo]
  • Optimisation convexe pour l'apprentissage de réseaux de régulation de gènes (M Champion) [diapo]
  • Inference conjointe de réseaux de gènes dans des conditions expérimentales multiples : une approche consensuelle par bootstrap (N Villa-Vialaneix) [diapo]
  • Operator-valued kernel-based models for gene regulatory network inference (N Lim) [diapo]
  • Joint estimation of causal effects from observational and intervention gene expression data (A Rau) [diapo]
  • Knowtator, a framework to annotate phenotype-genotype relationships relevant to Arabidopsis leaf growth and development (P Hilson) [diapo]
  • La tâche d'extraction d'information "Gene Regulation Network in Bacteria" (R Bossy et C Nédellec) [diapo]
  • Information extraction for the reconstruction of the biological regulatory network during the seed development phase of Arabidopsis thaliana (D Valsamou) [diapo]

19 - 20 Novembre 2012 - Institut Pasteur (Paris)

Programme

Lundi 19 Novembre

  • 9h45 - 10h15 : accueil
  • 10h15 - 11h15 : Anne-Claire Haury (MinesParisTech) TIGRESS: Trustful Inference of Gene REgulation using Stability Selection [diapo]
  • 11h15 - 11h30 : pause 
  • 11h30 - 12h30 : Anne Siegel (IRISA, Rennes) Quelques approches formelles pour tester la robustesse de processus de reconstructions de réseaux [diapo]
  • 12h30 - 14h : repas (plateaux) 
  • 14h - 15h : Simon de Givry (BIA, INRA Toulouse) Nouveaux opérateurs de voisinage local pour la reconstruction de réseaux Bayésiens [diapo]
  • 15h - 15h30 : Arnaud Fouchet (IBISC, univ. Evry) Inférence de réseaux de régulation par un modèle parcimonieux à base de noyaux locaux [diapo]
  • 15h30 - 16h00 : pause
  • 16h00 - 16h30 : Mélina Gallopin (INRA GABI, INRIA SELECT) Inférence de réseau de gènes à partir de données de séquençage haut-débit RNAseq [diapo]
  • 16h30 - 17h00 : Pierre Gutierrez (Statistique et génome, Evry) Coupling differential analysis to Network inference [diapo]
  • 17h00 : fin de la journée 

Mardi 20 Novembre

  • 9h30-10h30 : Pierre Nicolas (INRA MIG) Réseaux de régulation chez Bacillus [diapo]
  • 10h30 - 10h45  pause 
  • 10h45 - 11h45 : Françoise Moneger (ENS Lyon) A data-driven integrative model of sepal polarity in Arabidopsis [diapo]
  • 11h45 - 12h45 : Benno Schwikowski, Frederik Gwinner et Oriol Guitar (Institut Pasteur) A network inference infrastructure component in Cytoscape [diapo1] [diapo2]
  • 12h45 - 14h30 : repas libre
  • 14h30 - 15h45 : discussion et conclusion

9 - 10 Février 2012 - AgroParisTech (Paris)

Programme

Jeudi 9 Février

  • 10h - 10h30 : accueil
  • 10h30 - 11h00 : Marine Jeanmougin, Utilisation de connaissances biologiques dans l'inférence de réseaux [diapo]
  • 10h30 - 11h30 : Claire Nédellec, Extraction de régulations à partir de fouille de textes [diapo]
  • 11h30 - 11h45 : pause
  • 12h00 - 14h : repas (plateaux)
  • 14h - 15h : Sophie Lèbre Réseaux bayésiens dynamiques à structure variable dans le temps [diapo]
  • 15h - 15h30 : Andrea Rau, Inferring gene regulatory networks with hidden variables using state space models [diapo]
  • 15h30 - 16h00 : pause
  • 16h00 - 17h00 : Jimmy Vandel, Vers une inférence du réseau de régulation génique d'Arabidopsis thaliana dans le cadre des réseaux bayésiens discrets [diapo]
  • 17h00 : fin de la journée

Vendredi 10 Février

  •  9h30-10h30 : Daniel Kahn, Introduction à l'analyse modulaire de réponse (développements plus récents autour de l'article 'Untangling the wires: A strategy to trace functional interactions in signaling and gene networks', 2002, PNAS 99(20):12841-12846) [diapo]
  • 10h30 - 11h00 : pause 
  • 11h00 - 12h00 : Jean-Jacques Daudin Revue de méthodes pour la caractérisation d'un réseau [diapo]
  • 12h00 - 12h30 : Antoine Channarond, Classification et inférence dans le Stochastic Block Model 
  • 12h30 - 14h30 : repas libre
  • 14h30 - 16h00 : discussion et conclusion

Septembre 2011 - URGV (Evry)

Exposés de biologistes de l’URGV et discussions avec des membres du côté méthodologique du réseau pour mieux cibler les développements théoriques attendus et répondre à des questions pertinentes aux yeux des biologistes.

Diapo des exposés :

  • A case study: gene network beyond flagellin and MAPK signaling, Nicolas Frei dit Frey (URGV) [diapo]
  • (i) Régulation organe spécifique de la réponse à la carence azotée et (ii) Transdéterminiation racinaire : identification de marqueurs de dédifférenciation redifférenciation cellulaire, approche tissu spécifique, Richard Berthomé (URGV) [diapo]
  • Crop Funtional Genomics, Adnane Boualem (URGV) [diapo]
  • Réseaux de gènes, l'approche de Stuart Kauffman, Alain Franc (BioGeCo) [diapo]

Janvier 2011 - Toulouse

Une réunion sur deux demi-journées a eu lieu début 2011. Une cinquantaine de personnes (MIA, LIPM, LGC, SAGA, et aussi IMT) ont assistés à deux exposés invités :

  •  l’un de Mark Schmidt (INRIA Orsay) sur l’apprentissage de structure de modèles graphiques non dirigés en se concentrant sur des méthodes de pénalisation de type L1 avec généralisations [diapo]
  • l’autre de Christophe Giraud (Ecole Polytechnique) sur la prise en compte de variables cachées dans les modèles graphiques gaussiens [en se basant sur 3 papiers : réf principale "aux noms difficiles à prononcer" ;-), (réf qui marche qd n=infini) et (idem). Plus sérieusement, on pourra regarder les travaux de Venkat Chandrasekaran, Alan S. Willsky, Benjamin Recht, Pablo A. Parillo et Emmanuel Candès, cas souvent rencontré lors de l'inférence de réseaux lorsque tous les gènes ne sont pas dans le le jeu de données (''e.g.'' si on a réduit le nombre de variables au préalable).

Les exposés qui ont suivis étaient restreints aux membres du réseau. Les personnes présentes étaient Alain Trubuil, David Allouche, Christine Cierco, Marie-José Cros, Simon de Givry, Brigitte Mangin, Thomas Schiex, Jimmy Vandel, Matthieu Vignes, Nathalie Peyrad, Regis Sabaddin, Camille Charbonnier, Julien Chiquet, Catherine Matias, Sophie Schbath, Stéphane Robin, Michel Koskas, Marie-Laure Martin Magniette, Nicolas Verzelen, Christophe Giraud, Daniel Kahn et Mark Schmidt. 

  • Nicolas Verzelen (INRA Montpellier) a présenté une étude sur la taille minimum d’échantillon pour analyser des données de micro-array. Les résultats dépendent bien sûr du type d'analyse ; le message est qu'en très haute dimension (nb_entrees_non_nulles*log(nb_variables) = taille_echantillon), on ne peut pas faire grand chose tandis qu'en dimension plus raisonnable (transition observées lors de ce passage à des problèmes "moins difficiles"), le prix à payer pour la fonction de perte sera en gros logarithmique, ce qu'arrive à faire des approches de type ''lasso'' [diapo]
  • Matthieu Vignes (INRA Toulouse) a présenté les résultats de l’équipe SaAB - 1er au ss-challenge "Systems Genetics" d'inférence de réseaux de régulation de gènes à l'aide de données d'expression et marqueurs simulées; 16 équipes participantes- au challenge international annuel DREAM5 [diapo]
  • Julien Chiquet (université d'Evry) a présenté des extensions au modèle gaussien (group/cooperative-lasso) et différentes stratégies de pénalisation pour reconstruire un réseau à partir de données (hétérogènes) issues de plusieurs conditions expérimentales [diapo]
  • Enfin Marie-Laure Martin Magniette (URGV) a présenté les ressources disponibles à l’URGV -BD, projets, savoir-faire bioinformatique, idées d'intégration de données, de connaissance experte pour du semi-supervisé- pour l'inférence de réseau chez l’arabette. [diapo]